Si per la disinstallazione, ma rimane nei servizi il nome. Se apri il servizio troverai, (dovresti trovare) un servizio di nome mysql che potrebbe puntare ad un path non piu' esistente per via dell'installazione precedente rimossa. il path riguarda anche il file my.ini

installa il tools kit che trovi qui:

http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html

poi lanci il system tray monitor e aprendolo (mouse dx) troverai l'opzione per la configurazione dell'istanza.