Apri il file, lo leggi tutto dentro ad una variabile o un array o comunque una struttura che ti possa andare comoda per l'operazione che devi fare, modifichi la terza riga, risalvi tutto il file sovrascrivendo quello esistente. Se il file non è molto grosso così può andare. Altrimenti c'è un altro modo che ti permette di sovrascrivere dati già presenti su un file:

esempio:

nel file C:\prova.txt c'è scritto 00000000

applico questo codice

codice:
            FileStream stream = new FileStream("C:\\prova.txt", FileMode.Open);
            stream.Seek(4, SeekOrigin.Begin);
            StreamWriter writer = new StreamWriter(stream);
            writer.Write("1");
            writer.Close();
            stream.Close();
ne esce

00001000