hai accesso shell a questa macchina?
Se si prova dalla shell a lanciare il comando usando l'utente con cui gira il web server.
Una volta che riesci ad eseguire da shell riuscirai anche da php.
Se non hai accesso da shell prova a redirezionare l'output del comando direttamente nello shellexec, stando attento a redirezionare anche gli errori.
ciao