Probabilmente esistono soluzioni più eleganti, ma in questo momento non mi vengono in mente, per cui ti propongo questa

Aggiungi un campo input nascosto, al click sul pulsante stampa (o in qualsiasi altro momento tu scelga di far generare il pdf) prendi il contenuto dell'iframe tramite javascript ed inseriscilo nel campo nascosto, infine invia il form allo script php che genera il pdf.

In questo modo dovresti risolvere, anche se, ripeto, non sarà la soluzione più elegante