A questo punto mi vengono in mente 2 soluzioni:

1. Il dispositivo esterno, dopo aver caricato il file sul server, richiama uno script php (o altro se preferisci) che legge il file, aggiorna il DB e cancella il file al termine.

2. Sostituisci il dispositivo esterno con una pagina php che chiede di caricare il file, lo esamina, aggiorna il DB e lo cancella.