Certo, ma allora a questo punto non è che devi leggere il valore appena stampato a video, ma quello che ti esce dalla funzione prima di scriverlo con WriteLine. Supponiamo la tua funzione si chiamo ScriviValore():

codice:
string valore = ScriviValore();
Console.WriteLine(valore);

if(valore == "ciao")
{
   //fai una cosa
} else if (valore == "pippo")
{
  //fai un'altra cosa
}
dove ScriviValore non scriverà direttamente il valore, ma lo ritornerà come stringa al Main:

codice:
private static int ScriviValore()
{
   //un pò di conti e alla fine ritorni al main
   return "abcdefghi";
}