prima di tutto bisognerebbe sapere che distribuzione usi ...
Comunque, dalla tua domanda, si capisce che usi una "debian based", per cui, prima di tutto devi inserire, nel file /etc/apt/sources.list i server giusti (con la giusta sintassi) in base alla distribuzione ed alla sua versione che usi.
Poi con il comando
apt-get update
eseguito subito (una prima volta) e poi regolarmente, aggiorni l'elenco dei soft disponibili, con
apt-get install nome_software_da_installare
installi il soft che hai scelto e con
apt-get dist-upgrade
aggiorni tutta la distribuzione.
Infine alcune distribuzioni hanno un qualcosa che ti avvisa quando sono disponibili aggiornamenti del software installato.
In mandriva, ad esempio, c'è un'iconcina che diventa rossa (ma usa "pacchetti" RPM, non DEB), in altre distribuzioni possone esistere altri sistemi analoghi.