prova a staccare gli hard disk interni del pc,
in modo da evitare ogni dubbio,
fai fare il boot da cdrom con il cd di installazione
del sistema operativo, quando viene proposto
dove installare il s.o. vedi se viene rilevato il
disco usb, nel qual caso lo installi normalmente.

Nel caso, penso piuttosto probabile, che il disco
esterno non venga rilevato dalla routine di installazione
del sistema operativo, puoi utilizzare questo semplice escabotage:

installi il sistema operativo su un normale disco interno;
cloni la partizione sulla quale hai installato il s.o.
sul disco usb con programmi come norton ghost o simili;

A questo punto dovresti poter effettuare il boot da disco usb.

luca