non hai molte soluzioni:
puoi provare da bios a disabilitare i dischi fissi interni
e vedere se la routine di installazione del s.o. ti
permette di selezionare il disco usb.

Altrimenti puoi clonare la partizione utilizzata
attualmente sul disco fisso usb per fare il boot
da quello per poi fare le modifiche che ti servono,
ma se ci dicessi quello di cui hai bisogno
potremmo valutare soluzioni alternative,
come la creazione di una macchina virtuale.

luca