Gli oggetti sono passati per riferimento in PHP 5 dunque è inutile voler forzare il passaggio per riferimento di una variabile ($this) che di fatto rappresenta un oggetto.

Ti porto un esempio diretto.
Guarda la modifica alla riga 271
http://framework.zend.com/fisheye/br...&r2=7917#seg16

In PHP 4 passi per riferimento poiché gli oggetti sono passati per valore.
In PHP 5 il passaggio per riferimento in quel modo è deprecato ma funziona correttamente poiché gli oggetti sono passati per riferimento di default.

Dimenticavo.
Ho visto che i tuoi esempi sono riferiti alla chiamata di una funzione.
Se è una funzione di PHP non puoi farci nulla, se è tua il passaggio per riferimento è possibile dichiarandolo nella funzione.