Avevo aggiunto un edit, credo che ti sia sfuggito.
Dicevo proprio questo, ovvero che se la funzione è built-in di PHP è un altro paio di maniche.

Quello che molti non sanno - e che ho voluto sottolineare - è che è comunque possibile continuare a passare per riferimento se la funzione è dichiarata da noi spostando la & nella dichiaraione della funzione.