Dovrebbe essere giusto il codice per renderle invisibili! E' quello che ti ho postato. L'ho messo nella funzione che crea il div con sfondo grigio e lo mette a tutto schermo, subito all'inizio. Ti posto la funzione che fa quello che ti ho descritto.

codice:
function upload_alert() {
    d = document;

    // if the modalContainer object already exists in the DOM, bail out.
    if(d.getElementById("modalContainer")) return;
    
    array_select = document.getElementsByTagName("select");
    for (i=0; i<array_select.length; i++){
        array_select[i].style.visibility = "hidden";
    }

    // create the modalContainer div as a child of the BODY element
    mObj = d.getElementsByTagName("body")[0].appendChild(d.createElement("div"));
    mObj.id = "modalContainer";
    // make sure its as tall as it needs to be to overlay all the content on the page
    mObj.style.height = document.documentElement.scrollHeight + "px";

    // create the DIV that will be the alert 
    alertObj = mObj.appendChild(d.createElement("div"));
    alertObj.id = "alertBox";
    // MSIE doesnt treat position:fixed correctly, so this compensates for positioning the alert
    if(d.all && !window.opera) alertObj.style.top = document.documentElement.scrollTop + "px";
    // center the alert box
    alertObj.style.left = (d.documentElement.scrollWidth - alertObj.offsetWidth)/2 + "px";
    alertObj.style.marginTop = ((screen.height/2)-150)+"px";

    // create an H1 element as the title bar
    h1 = alertObj.appendChild(d.createElement("h1"));
    h1.appendChild(d.createTextNode(ALERT_TITLE));

    // create a paragraph element to contain the txt argument
    div_centrale = d.createElement("div");
    div_centrale.setAttribute("style","text-align:center");
    immagine = d.createElement("img");
    immagine.setAttribute("src","loading.gif");
    immagine.setAttribute("alt","loading...");
    paragrafo = d.createElement("div");
    paragrafo.setAttribute("id","paragrafo");
    paragrafo.appendChild(d.createTextNode("Il tempo di caricamento puo' variare a seconda della connessione e della dimensione dell'immagine"));
    h3 = d.createElement("h3");
    h3.appendChild(d.createTextNode("Caricamento dell'immagine in corso..."));
    msg = alertObj.appendChild(div_centrale);
    msg.appendChild(immagine);
    msg.appendChild(h3);
    msg.appendChild(paragrafo);