Viene eseguito un semplice controllo. Se il valore della colonna è uguale a D allora l'importo è positivo (+importo_totale).
In caso contrario significa che la colonna è uguale ad A e quindi si antepone il segno - all'importo totale e questo viene sottratto. Tutti i valori, raggruppati per ciascuna partita iva vengono sommati tramite la funzione sum che si trova all'esteno dell'if.

Una volta eseguito il raggruppamento vengono recuperati solo quelli maggiori di 0 come avevi chiesto.

Qui trovi spiegata la sintassi dell'if

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ml#function_if