Le variabili di ambiente su Linux valgono solo per il processo corrente, e ne viene passata una copia ai processi figli quando questi vengono avviati tramite una delle exec (a meno di non usare la execve o la execle, nel qual caso le variabili d'ambiente passate possono essere differenti). Se vuoi modificare le variabili della shell devi modificarle tramite il comando apposito che la shell ti fornisce.