In due parole: tu devi sapere PRIMA di "accendere il computer" come deve essere strutturato il sito. La parola "strutturato" sembra cchissàccheccosa ma non è altro che il saper riconoscere i "rettangoli" con le aree principali del sito (i famosi Header, Footer, etc...). Stabili ti quanti "rettangoli" sono ecco che hai il numero di DIV principali che ti servono (a quali associ un ID per dargli **dopo** uno stile dai css).
Quando il sito è strutturato non devi far altro che popolarlo di contenuti (a mano dal codice, da un Db o da dove_ti_pare)