Ho notato alcune cose, nn so però se sono la causa, cmq:
hai ripetuto due volte nel css:

#menu {
position: relative;
margin: 0px;
padding: 0px;
width: 100%;
top: -14px;

}
e poi successivamente:

#menu {
float: left;
width: 100%;
margin: 0px;
padding: 0px;
position: relative;
bottom: 0px;
}

La seconda annulla la prima essendo i fogli di stile a cascata.
Attenzione perchè nel #main {"min-height: 410px;" nn è supportata da IE precedenti al 7.
L'ultima cosa, nn capisco perchè hai annidato un ul dentro un div dentro un li, quando hai a che fare con 2 menù distinti.
A mio avviso ti 6 complicata un po' la vita, in fondo la tua struttura nn è molto complessa.
Potresti tranquillamente evitare le position, addirittura potresti evitare anche di mettere dei listati, e inserire degli a. Nel primo menu gli dai la proprietà display:block, così stanno uno a sotto l'altro, mentre nel secondo menù li separi con del margin.