http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/insert.html

codice:
INSERT IGNORE
    INTO tbl_name (colonna1, colonna2)
    VALUES ('ciao', 2), ('prova', 1), ('test', 45) ...
se il problema è dovuto al tempo di esecuzione...perchè non gli fai leggere ad esempio 50 righe alla volta...poi fai aggiornare la pagina e gli fai leggere le 50 righe successive?
fai qualche prova... e poi se hai ancora problemi posta il codice...

ciao!