è fatto noto che Explorer interpreti diversamente alcune direttive css, specialmente vi sono differenze sul box model (interpretazione margini / padding / bordi).
Come prima cosa, assumi che siano FF e Safari che interpretano correttamente quanto hai scritto. Usa possibilmente una dtd Strict, che porta anche Explorer ad attenersi maggiormente alle specifiche.
Quindi, dopo aver ottimizzato il foglio di stile per i browser "standard-compliant", se ti rimangono problemi con IE usa i commenti condizionali