io uso XAMPP su linux per testare i miei script in locale, ho usato il metodo che tu descrivi come "avvio senza setup", cioè ho estratto tutto in una cartella e avvio il mio eseguibile (che a sua volta si occupa di avviare gli altri servizi quali apache, php, mysql ecc eventualmente inattivi).
Io avevo già apache e mysql installati per altri motivi (programmi che ne fanno uso ecc) e semplicemente prima di avviare xampp mi preoccupo che questi servizi siano inattivi. Non so - onestamente - cosa potrebbe succedere ad avere due servizi in ascolto sulla stessa porta :master: ma per sicurezza io stacco apache e mysql installati manualmente e avvio xampp. Finora non ho avuto alcun problema. Per disattivare i servizi da windows li puoi killare dal monitor di sistema (si chiama così quello del CTRL ALT CANC? ) ma è sporca, oppure digitare msconfig in "Esegui" e toglierli dai servizi all'avvio, ricordanti però che quando ne avrai bisogno questi andranno avviati manualmente.
Tieni presente che se hai già un db mysql questo non verrà sovrascritto o toccato da xampp - specie se il primo mysql è disattivato -, che opera tutto all'interno della sua directory (almeno su linux, ma credo sia lo stesso sotto windows)...

Scusa la confusione sono un po' di fretta! Spero di averti dato qualche spunto!
Ciau