number_format prende un numero e rende una stringa e non viceversa.

nel db e con il php se devi fare calcoli sui numeri decimali devi per forza di cose usare il punto.

dopo che hai caricato i dati sul db fai un update:
codice:
update tabella
set campo = replace(campo, ',' , '.')
oppure puoi usare replace() nella select:

codice:
select *, replace(campo, ',' , '.') as campo .....