Ecco una soluzione che tiene conto anche delle tabelle che sono collegate alla prima tabella che postato:

SELECT
tbl_malattia.Malattia,
tbl_malattia.IdMalattia
FROM
rel_apparato_malattia
Inner Join tbl_malattia ON tbl_malattia.IdMalattia = rel_apparato_malattia.IdMalattia
Inner Join tbl_apparato ON tbl_apparato.IdApparato = rel_apparato_malattia.IdApparato
WHERE
tbl_apparato.IdApparato IN (11, 3)
GROUP BY
tbl_malattia.IdMalattia
HAVING COUNT(rel_apparato_malattia.IdMalattia) = 2