Puoi postare l'errore preciso?
Provo a supporre, ma con le info che dai è molto difficile.
Poniamo questo codice:
con la configurazione di default del php5, non vengono interpretati gli short tags per l'apertura del codice php "<?", quindi nell'esempio interpreterebbe come testuale tutto il codice fino al tag di apertura che vuoi scrivere nel file, e quindi cercherebbe di interpretare come codice php questocodice:<? fwrite($fp, "<?php \n\$c=$c;\n ?>"); ?>
che ovviamente in php ha poco senso..codice:\n\$c=$c;\n
Mi rendo conto della necessità di far funzionare i programmi vecchi, ma pretendere di far interpretare a php5 la sintassi del php3 è un po' troppo, e credo che l'unica via sia riscrivere le parti non compatibili dei tuoi programmi.
ciao