mi pare di sapere che di ogni "versione" del kernel c'è n'è una standard, poi le varie distro applicano delle "patch" per motivi loro (per avere altre funzionalità, ecc... )
Se ricompili con un kernel "standard" non è detto quindi che poi funzioni tutto come con il kernel originale usato dalla distribuzione.

Mettere le varie opzioni come "built-in" o come modulo, cambia, perchè i moduli puoi caricarli o meno a seconda delle tue esigenze (es. secondo l'hardware che hai sul PC). Ciò contribuisce ad avere un kernel più "snello".

Tuttavia, alcune cose bisogna obbligatoriamente metterle "built-in", pena il mancato funzionamento del sistema (es. mi pare. quelle relative al tipo di F.S. usato. Se non ricoosce il file system, difficilmente riuscirà a caricare i moduli dallo stesso ...).

E così via ...