potresti seguire anche un'altra strada dopo il make menuconfig ovvero compilare e creare un pacchetto (in ambiente fakeroot) per il nuovo kernel da gestire poi direttamente con dpkg

ricapitolando:

- estrai i sorgenti del kernel

- ti sposti all'interno e dai make menuconfig, configurare un kernel è la parte più complessa e lunga prenditi tutto il tempo necessario per verificare le opzioni, in molti casi è la configurazione stessa che ti suggerisce come fare (occhio agli EXPERIMENTAL), se cerchi informazioni riguardanti una data opzione ti suggerisco di dare un occhiata al wiki fatto dai ragazzi di slacky.eu che puoi trovare qui ovviamente non tutte le voci saranno identiche ma ti aiuterà molto.

- una volta terminata la configurazione potrai usare make-kpkg con le opzioni che riterrai opportune, ad esempio:

codice:
fakeroot make-kpkg --append-to-version -nome_personalizzato kernel_image
naturalmente ci sono tutta una serie di opzioni aggiuntive come per la creazione di initrd (che comunque, come ha già detto andy, si può evitare tranquillamente compilando come statici i moduli del controller hdd e del file system di root) oppure per creare un pacchetto contenente gli headers (anche qui potresti farne a meno se conservi i sorgenti).

- alla fine del passaggio precedente ritroverai nella directory superiore il pacchetto contenente l'immagine del kernel e/o degli headers, a quel punpo li puoi installare direttamente usando dpkg e il sistema ne terrà traccia al pari di un qualsiasi pacchetto comune

codice:
# dpkg -i linux-image-2.6.2*.*-*.deb
qualche risorsa utile per il cosiddetto debian way

debian kernel howto