Il secondo array deve contenere le singole lettere come stringhe (come nella parte commentata).
Ad ogni modo, prova questo:
Codice PHP:
$vettore_alfabeto = array("a","b","c","d","e","f","g","h","i","l","m","n","o","p","q","r","s","t","u","v","z");
$vettore_alfabeto_crittografato = array("f","d","t","y","u","i","o","p","0","9","8","7","g","v","c","x","a","q","2","3","4");

$testo_da_crittografare="testo da cifrare";
$testo_crittografato "";

$size strlen($testo_da_crittografare);

for(
$i=0$i<$size$i++) {
    if(
$testo_da_crittografare{$i} == " ") {
        
//Non cifro lo spazio;
        
$testo_crittografato .= " ";
        continue;
    }
    
$char array_search($testo_da_crittografare{$i}, $vettore_alfabeto);
    if(
$char !== false) {
        
$testo_crittografato .= $vettore_alfabeto_crittografato[$char];
    }
}

print 
$testo_crittografato