In una web application PHP/MySQL, il server (di client/server) è un web server come Apache (o IIS, etc), mentre i client sono del client HTTP (es. web browser).

Da come hai descritto il progetto, il tuo compito dovrebbe essere quello di:

1. Analizzare la tipologia di dati da archiviare.
2. Analizzare il workflow delle informazione.
3. Individuare gli utenti che accederanno a tali informazioni (con relativi privilegi etc.).
4. Implementare un sistema che permetta agli utenti di accedere alle informazioni archiviare, di inserirne di nuove, di modificare ed eliminare quelle esistenti.

IMHO dovresti partire da una analisi dettagliata dei casi d'uso dell'applicazione, in modo da individuare in quale modo il sistema deve metterli a disposizione degli utenti.