Non avendo sott'occhio il tuo codice non posso darti delle risposte certe ma penso che tu non chiuda il popup che hai aperto la prima volta e cliccando sulla pagina principali lo metti sotto e li resta, per mantenerlo in primo piano devi usare JS e precisamente il seguente codice nel tag body del popup:

codice:
onblur="self.focus()"