Allora:
la prima soluzione ha il vantaggio di avere sistema e dati in due hd separati che usano canali differenti e quindi si dovrebbe avere maggiore velocità in caso di accesso simultaneo, mentre la seconda, anche se c'e' un rallentamento dovuto all'hd che è unico e quindi la meccanica e il canale usato sono singoli, si può considerare questo gap trascurabile avendo il trasferimento dati in modalità sata, inoltre c'e' il vantaggio del raid1 applicato anche alla partizione di sistema.

Per quanto riguarda la differenza tra i due standard, un sata è sempre preferibile ad un pata, anche se in condizioni normali un pata udma6 non sfigura di molto rispetto ad un sata; la differenza si nota soprattutto in caso di uso frequente dell'hd e nella "prontezza di risposta" dei comandi e/o programmi che vi fanno accesso.
Il problema nel tuo caso è che linux potrebbe non supportare il raid hardware (specialmente se è integrato nel chipset della motherboard) in quanto non sono veri e propri raid hw poichè si appoggiano ai drivers (windows) e quindi al software; di conseguenza occorrerebbe utilizzare una scheda raid hardware dedicata su bus pci-express (ovviamente che sia supportata da linux) oppure utilizzare il raid software di linux stesso che non sfigura rispetto all'harware proprietario.