Che io sappia non ci sono particolari problemi nel caricare contenuto tramite ajax, apparte se il responsetext contiene degli script ( cosa che comunque si può risolvere ).

Le include lato server ti permettono di includere il contenuto di un file dentro quello corrente; se tu ad esempio hai una pagina template.php puoi includere il file miapagina php direttamente col server senza dover passare per il client con ajax.
Codice PHP:
<html>
<head>
</head>
<body>
<?php include('miapagina.php'); ?>
</body>
</html>
Questo esempio è in php, volendo si può fare in qualsiasi linguaggio server-side. Se il tuo servizio di hosting usa apache è probabile che tu possa anche usare le include shtml, che hanno il vantaggio di non necessitare di nessun linguaggio server side ( cerca su google )