jQuery ha tanti plugins, un'API veramente comoda, selettori potenti di default. Di contro ha un codice che non è elegante o pulito come quello di Mootools.

Il confronto andrebbe fatto, per peso, potenzialità, altro, tra Mootools full e jQuery + jQuery UI, in questo caso si hanno 2 librerie abbastanza complete e simili, sta a te a quel punto decidere quale metodo di utilizzo ti piace di più.

Queste sono infatti diverse, jQuery basa quasi tutto su se stessa, Mootools ti mette a disposizioni classi (generatori di costruttori) ed altro per estendere in modo avanzato e OO il tutto creando codice altrettanto elegante o perlomeno, presumibilmente, lineare.

protaculous? per me è la peggiore scelta, ma prototype è stata probabilmente la prima ad usare la dollar function, ecco perchè è così famosa.