Fermo restando che il codice che hai scritto è giusto e alla funzione comandi vengono passati i valori giusti, ho il dubbio che tu abbia pensato di sbagliare perchè non vedevi il link nell'alert ... semplice! ... È sbagliata la sintassi dell'alert!
Codice giusto:
codice:
<script type="text/javascript">
  function comandi(id,link) {
    alert(id + " Link=" + link);
  }
</script>
la funzione alert accetta UN SOLO parametro, non due!

HTH
Zappa