Il risultato non cambia. Di fatto i programmi vengono eseguiti e come dagli esempi illustrati la calcolatrice viene aperta.
L'utente DEVE dire al browser di eseguire l'applicativo. Non e' nulla di diverso rispetto ad un semplice link verso un file EXE online (viene comunque visualizzata la finestra di download, sta all'utente decidere se salvare od aprire l'eseguibile) e comunque questo e' possibile solo con Internet Explorer. Solo che nel caso dell'eseguibile locale, il file puo' essere aperto SOLO se la pagina web viene caricata dal file system, NON succede nulla se la pagina web viene richiamata tramite un web server.

far eseguire un .exe in locale è possibile.
Far eseguire un file .exe che risiede sul PC locale è possibile SOLO se si apre la pagina web dal file system. NON e' possibile se si apre la pagina web tramite un web server.

Visto che nel tuo post originale parli di PHP 5.2.5, Apache 2.2.3 e' evidente che quello che stai tentando di fare NON e' possibile.

Con il quarto metodo poi.... (conosci l'estensione hta?).
Tu conosci tutte le limitazioni/prerequisiti del formto HTA?

Internet è pieno di esempi di siti che eseguono programmi locali. Basta vedere tutti quelli di giochi on-line. Tu scarichi il gioco la prima volta, poi le altre volte vai sul sito, clicchi sul link ed il .exe parte permettendoti di giocare "on line" con altri giocatori.
Potresti indicare uno dei tanti siti che permettono di farlo?