Ad esempio:

aggiungi un campo "attivato" ed uno "codice_attivazione".

1) Non so dove devo inserire il generatore casuale di password, e non so come far inviare una mail all'utente per attivare il suo account tramite click su link
Nello script di registrazione dell'utente, generi la password, la salvi nel DB impostando il campo "attivato" a 0 e "codice_attivazione" ad un valore univoco (es. md5(microtime())), invii l'email all'utente indicandogli la password ed il link dell'attivazione. Il link conterrà tra i parametri anche il codice di attivazione.

2) Mi sorge un altro problema, affinchè il suo account possa essere attivato tramite la ricezione di una mail che riporti un link d'attivazione, mi manca a parte il codice da inserire proprio il passagio logico, non ho proprio idea di come fare!
Lo script per l'attivazione effettua un UPDATE utilizzando il valore codice_attivazione per identificare il record dell'utente ed impostare il campo attivato ad 1.