Non so se possa esserti d'aiuto, ma io per risolvere l'inconveniente dell'overlay su oggetto flash ho tolto la parte di javascript, che permette l'apertura del filmato flash, all'interno del codice HTML.
Cioè là dove è inserito il filmato flash all'interno del codice HTML, ho tolto tutta la parte da <script type="text/javascript"> a </script> e ovviamente il successivo <noscript> e </noscript>.
Così il browser, x quanto riguarda il filmato flash, il legge solo il codice inserito fra i tag <embed...........
In questo modo praticamente il ligthwindow (purtroppo non ho provato col lightbox, spero sia lo stesso) si posiziona sopra il filmato, come ci si aspetta che faccia.
Ricorda però sempre il wmode a trasparent.
Non sarà forse la migliore soluzione ma mi funziona.