Allora devi sapere che una masterpage altro non è che un "contenitore" cioè può contenere altre "pagina " al suo interno. Vedi che ho evidenziato la parola "pagine" non a caso. Infatti se ci fai caso la masterpage contiene anche tutti i tag html (o XHTML altrimenti non funzionerebbe) e fa semplicemente un richiamo alla pagina che deve contenere attraverso un tag tipico di asp.net (<ContentPlaceHolder...>) ora il fatto che tu non riesca a modificare i controlli nella masterpage è strano, forse tenti di farlo da una pagina di contenuto, e questo non è possibile. Prova a cercare il file con estensione .master (che poi è la tua masterpage) e da li prova a fare le tue modifiche.

Fammi sapere com'è andata....