premessa: si tratta di due files diversi ma per esperienza personale i files non mettono radici nella cartella.

ho avuto un problema simile con un file che non poteva essere:
nč spostato
nč eliminato
nč sostituito con uno vuoto
(edit: anche eseguendo le tre operazioni nello stesso script.. nada..)

si trovava in esecuzione automatica
non lo si trovava nel registro..

....era semplicemente legato, ad altri file e chiavi e lo si poteva vedere solo esportando una (una sola) chiave come file di testo: usciva nei dati bin.. La chiave la feci esportare perchč nemmeno questa si eliminava in nessun modo.. e li' dentro trovai i vari collegamenti ad altre 3 o 4 chiavi e ad un altro file ancora...

Quindi: controlla tutti i servizi e le CLSID => Systemscan potrebbe esserti veramente d'aiuto.