Non mischiare i linguaggi solo perche' hanno una parte del nome in comune... considera sempre che il javascript viene eseguito sul client mentre il java solo sul server... e le comunicazioni fra i due ambienti possono avvenire solo col metodo client-server tipico del web.

Poi puoi provare ad utilizzare ajax per farli dialogare in tempo "quasi" reale, me deve valerne la pena... altrimenti usa funzioni e metodi del javascript

ciao