Sono di sasso...una risposta cosi particolareggiata e completa non l'ho mai ricevuta.
Compliementi.
Quindi riepilogando:
LATO SERVER: ffmpeg installato e gestito da script e gestito a sua volta da CRON (comando che organizza processi suppongo, al momento però sono su una macchina win2003server con FastCGI e quanto ne consegue per poter eseguire pagine php, mentre ho letto che questi appartiene ad ambiente unix), il tutto gestito da php che quando riceve una richiesta, la elabora e restiuisce "Il gioco è fatto!" all'utente.
LATO CLIENT: l'utente inserisce il video e attende che lo stesso venga inviato e convertito, in attesa del messaggio "Il gioco è fatto!".

Dubbi: come potrei risolvere il problema con cron?
Cron esegue questo script di cui mi hai parlato che a sua volta interagisce col soft di conversione?
Potrei semplificarmi la vita avvisando l'utente che, una volta "uplodato", dovrà attendere alcune ore prima che il video venga pubblicato, quindi creando una sorta di coda sul server che "senza fretta" converte, crea le thumbs e immette in rete?