Sarebbe molto grave, se un utente dal suo browser potesse interferire con programmi che girano sul server ...
L'utente dal browser puo` lanciare un programma, che deve ritornare una pagina Web al client.
Pero` il programma sul server deve poter decidere autonomamente cosa fare. Al limite se il browser non esiste piu` (o non accetta piu` dati), il server terminera` la sua esecuzione ed i dati (la risposta al browser) andranno perduti.

Immagino che il tuo scopo sia testare alcune applicazioni lato server, che stai sviluppando.
Di solito le procedure Perl chiamate dal Web producono dei dati da inviare al client. Ma non devono durare all'infinito: pochi secondi e il programma deve essere terminato, altrimenti significa che c'e` un errore da qualche parte.
Dovrebbe essere possibile inserire dei timeout sul server, in modo che se un processo dura piu` di un tot, venga killato in modo automatico.
Oppure puoi modificare il modo di chiamare la procedura (e raccogliere i dati) e lanciarla da server, con il che` puoi anche killarla con un control-C (o simile).