PHP mette a disposizione delle ottime funzioni di manipolazione di file e stringhe. Appoggiarsi ad uno script shell nel tuo caso e' inutile. Puoi fare tutto in PHP.

Praticamente, viene rimosso il testo racchiuso tra "<>", strano, perchè se tento di visualizzare il sorgente dal browser, i dati invece
Non viene "rimosse", è il browser a non effettuare il rendering corretto. Per verificarlo, controlla il sorgente della pagina visualizzata dal browser e scoprirai che il testo è completo.