forse ho capito dov'è il problema, nelle mie pagine il codice css risiede in un file esterno.

In questo caso dovrei fare così?

<script>
window.onload = function() {
var cont = document.getElementById("menu1"),
a = cont.getElementsByTagName("a"),
i = a.length;
while(i--) {
if(location.href.indexOf(a[i].href) == ../images/style.css) {
a[i].className = "uno";
break;
}
}
}
</script>