"altre finestre sempre dello stesso sito" aperte sotto forma di popup? con il window.open?
gia' cosi' e' difficile, se poi pretendi di verificare link aperti dall' utente in nuove finestre o tab e' assolutamente impossibile

se sei in un frame l' oggetto window a cui devi far riferimento e' il parent
parent.location.replace, parent.location.href
per operare su tutto il frameset

ciao