una volta terminato l'upload puoi aprire il file usando la funzione

www.php.net/fopen

e poi effettuare una ricerca usando dei "chunk" di dati, ovvero leggi un chunk, poi leggi il secondo, verifichi se la stringa che cerchi c'è, se non c'è scarti il primo chunk ma tieni il secondo che diventa prima e poi accodi un altro chunk e cosi via

www.php.net/fread
www.php.net/fclose
www.php.net/feof