scusami ma non capisco perché fai uso dell'output buffering

codice:
// costruisci qua il buffer accodando le stringhe, ovvero
$buffer .= $rows
// altro codice ancora

$pdf = new HTML2FPDF();
$pdf->AddPage('L');
$pdf->WriteHTML($buffer);
$pdf->Output('nome-file.pdf', 'D');
Guarda cosa dice il manuale di FPDF alla pagina
http://www.fpdf.org/it/doc/output.htm

prova cosi