è sbagliato il percorso ai file javascript...

metti questo:

<link rel="stylesheet" href="/css/lightbox.css" type="text/css" media="screen" />
<script src="/js/prototype.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/js/scriptaculous.js?load=effects" type="text/javascript"></script>
<script src="/js/lightbox.js" type="text/javascript"></script>

oppure ../../js/etc come hai fatto per il primo css