@sonounostrinato

il problema a cui ti riferisci tu esiste ed è sicuramente presente a livello Browser perché tutte le path relative per i CSS, immagini e tutto quanto ... saltano

invece per quanto riguarda i percorsi lato php non cambia assolutamente niente

@r3dd3vil
l'errore che hai è dovuto a tutt'altro problema, ovvero tu provi ad includere un file usando una path relativa al percorso in cui riside il file
/home/mhd-01/www.miosito.com/htdocs/prova/funzioni/funzioni.php

di conseguenza lui prova ad aprire
/home/mhd-01/www.miosito.com/htdocs/prova/funzioni/moduli/Nuova/index.php

Per avere dei path relativi a qualcosa ma effettivamente statici ci sono vari modi
- puoi usare la costante __FILE__ con la funzione basename ( www.php.net/basename ) e poi includere con una serie di .. per scendere di directory
ES:
require_once (basename(__FILE__) . "../moduli/$center/index.php")

- puoi usare la variabile $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] e $_SERVER['PHP_SELF'] per acquisire la path di index.php, dato che viene richiamato lui tramite le rewrite rules, e usare basename per prendere la directory che poi usi nell'include
ES:
require_once (basename($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/' . $_SERVER['PHP_SELF']) . "/moduli/$center/index.php")

fai qualche prova e vedi se ti funziona cosi