Non è stato generato alcun nuovo file. Tutta quella stringa è stata aggiunta dopo l'ultimo carattere di ogni file .php e .html presente in ognuno dei domini sulla macchina (io ne ho 92...).

Se ne parla anche qui:
http://forum.joomla.it/index.php?top...2509;topicseen

Secondo me è un buco di Plesk 8.3, vorrei sapere da menozero se anche lui ha Plesk istallato su CentOS.