allora se le crei da un ciclo (mi pare di aver capito) fai cosi':


esempio:
Codice PHP:
//prima del ciclo
$i=0;
//nel ciclo 
$i++

<input name="filtri_<?=$i?>" type="checkbox" value="<?=$valore?>">$valore_testuale
così facendo avrai le checkbox con name differenti con _numero del ciclo