ma perchè tutte quelle chiocciole? Non è un bene programmare con "i silenziatori" 
Comunque, io farei così:
Codice PHP:
$nome = $_FILES['miofile']['name'];
$pezzidifile = explode(".", $nome); // Questo serve per dividere la stringa ogni volta che c'è un punto
$posizione = sizeof($pezzidifile) - 1; // Questo è un metodo POCO elegante per prendere l'ultima posizione di un array
$estensione = $pezzidifile[$posizione]; // Ora che sappiamo la posizione dell'estensione nell'array del nome, la recuperiamo puntando all'ultimo pezzo di stringa
$nome = "file1" . "." . $estensione; // Collegiamo l'estensione al file ricordandoci di infilarci un punto in mezzo (te l'ho messo volutamente staccato dal nome del file per fartelo vedere)
Non è certo il metodo più elegante ma dovrebbe funzionare! 