Imbastita un po' di fretta ma più o meno dovrebbe forse in qualche modo chissà (speriamo!) andare:
Codice PHP:


$cartella = '/dove/tieni/i/files';

if ($puntat = opendir($cartella)) {

    // Questo è solo un contatore
    $i = 0;
    // Qui scorro tutta la cartella
    while (false !== ($file = readdir($puntat))) {
        $filesnellacartella[$i] = $file;
        $i++;
    }
    closedir($handle);
    
$nome = $_FILES['miofile']['name'];
$pezzidifile = explode(".", $nome); // Questo serve per dividere la stringa ogni volta che c'è un punto
$posizione = sizeof($pezzidifile) - 1; // Questo è un metodo POCO elegante per prendere l'ultima posizione di un array
$estensione = $pezzidifile[$posizione]; // Ora che sappiamo la posizione dell'estensione nell'array del nome, la recuperiamo puntando all'ultimo pezzo di stringa
$nome = "file" . (sizeof($filesnellacartella) + 1) . "." . $estensione; // Collegiamo l'estensione al file ricordandoci di infilarci un punto in mezzo (te l'ho messo volutamente staccato dal nome del file per fartelo vedere)
} 
Scusa sto andando a mangiare, se c'è qualche problema posta che poi correggo, ora non ho molto tempo!
Ah, nota che nell'ultimo $nome ho aggiunto un modo artigianale per contare il numero di files nella cartella e dargli un numero sequenziale... Ci sarà sicuramente un modo più veloce, se mi viene in mente te lo posto dopo!
buon appetito!